通化县国土资源局内设4个职能科。
（一）综合科
负责全局机关日常政务、事务、会议的组织工作；负责党的建设、精神文明建设、干部职工队伍建设、政行风软环境和廉政建设工作；负责文字综合、档案、文印管理；负责老干部、群团、人事、劳动工资福利、综合统计、计划生育工作；负责保密、保卫、环境卫生、后勤服务和车辆管理工作；负责固定资产、办公用品购买、使用和管理工作；负责财务管理；负责新闻宣传、政务信息工作。
（二）土地科
负责编制全县土地利用总体规划、土地资源保护与开发利用规划、基本农田保护规划、土地开发整理规划等专项规划，参与县政府城镇总体规划审核工作；组织实施土地利用总体规划，对建设项目用地规划进行审查和预审；负责全县农用地用途管制工作。
负责制定并落实全县耕地、基本农田、农用地保护和鼓励耕地开发政策；制定并实施未利用土地开发、复垦、整理及开发耕地规定；实施土地用途管制，确保耕地总量动态平衡；负责集体土地、农地转用、征用审查、报批和前期事务性工作；负责国有划拨土地使用权补办出让审批；负责划拨国有土地使用权审批；负责集体建设用地审批；负责农民个人建房审批；牵头负责建设用地的批后检查；负责土地使用权出让的管理；执行国家国有土地划拨使用目录指南和乡（镇）村用地管理办法，指导农村集体非农土地使用权的流转管理；完成土地收益计划；负责土地使用权租赁、作价出资、交易和政府收购的管理；负责国有经营性土地租金收缴工作。
负责全县地籍管理及土地调查、动态监测、土地资源现状调查、地籍权属调查、变更调查和统计工作；负责全县土地确权、登记、发证工作；负责全县土地资源变化趋势的预测分析工作。
（三）矿产科
负责全县矿业权设立资质条件的审查、现场踏查、矿区划界工作；负责省市国土资源部门登记发证矿山企业采矿权初审和报批工作；负责《矿产资源法》及其配套法律法规的贯彻落实；负责全县采矿权的年度审查、矿权使用费的收缴、采矿权登记档案的管理工作；负责全县矿业生产秩序、矿产资源管理秩序的整顿、矿山企业“三率”指标的考核、矿权转移的申报评估、矿业权市场招拍挂的建立和管理；负责矿产资源补偿费的收缴工作。
负责全县砂石、粘土采矿权的审查、审批、登记发证；负责采矿权变更审批;负责探矿权立项核查、转让、变更立项审批；负责采矿权授予审批、生产矿山采矿权有偿出让审批；负责采矿权选矿登记、延续登记、注销登记、转达让登记审批；负责划定全县矿区范围审批；负责县乡（镇）级财政出资的地质灾害防治工程项目立项审批
负责县域内探矿权的立项核查和全县探矿权的管理，对全县勘查项目依法监督、检查；负责全县矿产资源储量动态变化的调查、管理、统计上报工作；负责组织全县矿产资源的调查、评价，组织监测、防治地质灾害和保护地质遗迹，依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价，监测、监督防止地下水的过量开采与污染，保护地质环境；审查申报具有重要价值的古生物化石产地、标准地质剖面、地质遗迹保护区；负责全县矿产资源开发利用中的招商引资、信息服务、对外合作与交流以及资源开发利用情况的综合、协调、指导和统计报表工作。
（四）法规科
负责全县土地、矿产法律、法规、政策的宣传工作；负责受理行政复议和行政应诉工作；对全县执行和遵守土地、矿产资源管理法律法规情况进行监督检查；组织开展对土地规划、农地转用、土地征用、土地资产处置、土地使用权交易行为的监督检查；负责违法案件立案、审查、督查和处理工作；负责全县土地、矿产信访举报案件的督办、协办和处理工作；协助地籍科、矿管科调查和调处全县土地、矿产权属争议、纠纷案件。
